במכללת אפקה מתקיים מחקר בנושאים רבים ומגוונים. קיום המחקר באפקה מאפשר לחברי הסגל לעסוק בנושאים שבחזית המדע והטכנולוגיה, מפתח את קשרי התעשייה, ומחזק את מכללת אפקה להנדסה גבוהה כמוסד הוראה ומחקר מצויין.
מרכזי מחקר, פיתוח וליווי מדעי לתעשייה הוקמו ביוזמת המכללה על מנת לקדם ולמנף פעילות אנשי סגל מובילים בתחומם ובעלי ניסיון מעשי בשירות התעשייה. השילוב של ההון האנושי, תשתית מעבדתית וסביבה עיסקית תומכת ומאורגנת הובילו להקמת מרכזי ידע בתחומים הבאים:
