מרכז אפקה לתשתיות תחבורה ולוגיסטיקה הוקם במכללת אפקה ב- 2013 על ידי פרופסור אראל אבינרי העומד בראשו. המרכז פועל כמרכז מחקר, פיתוח ויעוץ במציאת פתרונות מיטביים בתחומי תשתיות תחבורה ולוגיסטיקה, וזאת מתוך ראיה מערכתית. פתרונות אלו כוללים, בין היתר, הערכת ביקושים, ניתוח צרכי משתמשים, תכנון לטווח קצר וארוך, פיתוח מוצרים ושירותים והערכת אפקטיביות. חזון המרכז הינו להפוך למרכז ידע משמעותי בתחום תשתיות תחבורה ולוגיסטיקה, תוך בניית מודל ייחודי של קשרי אקדמיה-תעשייה-ממשלה.