המחלקה ללימודי הנדסת תוכנה של מכללת אפקה, מושתתת על סגל הוראה המשלב ידע וניסיון מוכחים באקדמיה ובתעשייה. תוכנית הלימודים כוללת, במקביל למדעי היסוד ויסודות מדעי המחשב, לימוד והתנסות בטכנולוגיות הנדרשות ביותר על ידי התעשייה, והתוכנית מתעדכנת לפי צרכי התעשייה, איתה מקיימת אפקה קשר רציף. אחוז המועסקים הגבוה, כמהנדסי תוכנה, מקרב בוגרי התוכנית באפקה, מעיד על רמת הלימודים הגבוהה וחיוניות התוכנית.
תנאי הלימוד המשופרים בכיתות ובמעבדות, מערכות למידה הנתמכות באינטרנט, הקשר ההדוק והשוטף בין סגל ההוראה לסטודנטים, הטיפול המסור בסטודנט במהלך לימודיו והסיוע לבוגר במציאת מקום עבודה, מיקום המכללה קרוב למרכזי ההיי-טק במדינה והצלחת הבוגרים בהנדסת תוכנה בתעשייה, כל אלו הן סיבות נוספות מדוע ללמוד הנדסת תוכנה באפקה.