המחלקה להנדסה רפואית במכללת אפקה, מושתתת על סגל הוראה המשלב ידע וניסיון מוכחים באקדמיה ובתעשייה. בנוסף, סגל המחלקה עוסק במחקר ומתעדכן, באופן שוטף, בחידושים הטכנולוגיים ובצרכי התעשייה בתחום ההנדסה הרפואית.
ייחודיות תוכנית הלימודים במכללה מתבטאת בגישה מעשית-יישומית, תכנים עדכניים הכוללים את החידושים האחרונים, תוך חשיפה ושיתוף פעולה עם התעשייה הישראלית בתחום והמרכזים הרפואיים.
תוכנית לימודי הנדסה רפואית ייחודית וכוללת לימודי מדעי היסוד ויסודות ההנדסה, לימוד טכנולוגיות חדשניות, סדנות במרכז רפואי וקשר רצוף עם התעשייה. התוכנית מתעדכנת לפי צרכי התעשייה הרפואית והמרכזים הרפואיים. מסלולי הלימוד הנדרשים בשוק העבודה וכוללים הנדסת מערכות מידע רפואיות ומכניקה פיזיולוגית. בנוסף ניתן ללמוד קורסים ייחודיים בלימודי הנדסה קלינית.
הסטודנטים וסגל המחלקה שותפים בפעילות האיגוד הישראלי להנדסה רפואית וביולוגית.
תנאי הלימוד משופרים בכיתות ובמעבדות, מערכות למידה תומכות באינטרנט, הקשר ההדוק והשוטף בין סגל ההוראה לסטודנטים, הטיפול המסור בסטודנט במהלך לימודיו והסיוע הצמוד לבוגר במציאת מקום עבודה, מיקום המכללה הקרוב גם למרכזים רפואיים ותעשיות ההנדסה הרפואית, כל אלו הן סיבות נוספות מדוע ללמוד הנדסה רפואית באפקה.